Isso ocorre quando no Boleto/Comprovante vem algum valor de tarifa que não é informado na nota, por isso o valores ficam diferentes.
Abaixo segue um passo a passo de como corrigir o financeiro.
Ao dar a Entrada na Nota, verá que o total pra gerar o Financeiro estará diferente do Boleto/Comprovante do pagamento, não tem problema, pode colocar pra gerar o financeiro normalmente que depois vamos corrigir.
Abaixo segue duas imagens, uma da tela de Entrada de Nota e outra imagem do boleto referente a nota:
Após dar entrada na nota, vamos fazer a alteração do titulo do Contas a Pagar que foi gerado no ato da Entrada de Nota.
Acesse o menu em Contas a Pagar -> Gerenciamentos -> Gerenciar Titulo -> Titulo
Primeiro vamos Buscar o titulo do contas a pagar pela numeração da nota
Depois, clica no botão Alterar superior, vai habilitar os campos permitidos. No campo do valor, altere para o valor correto e clica no botão Alterar inferior.
Feito esse procedimento, o financeiro estará de acordo com o valor do Boleto/Comprovante